Para remover o index.php no Joomla utilize os seguintes procedimentos.
No .Htaccess
Insira o seguinte código
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{QUERY_STRING} base64_encode[^(]*\([^)]*\) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} (|%3E) [NC,OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} GLOBALS(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2}) [OR]
RewriteCond %{QUERY_STRING} _REQUEST(=|\[|\%[0-9A-Z]{0,2})
RewriteRule .* index.php [F]
RewriteRule .* - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization}]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/index\.php
RewriteCond %{REQUEST_URI} /component/|(/[^.]*|\.(php|html?|feed|pdf|vcf|raw))$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php [L]
No painel administrativo do Joomla
Utilize no painel de opções globais da sua instalação do Joomla a opção de url amigável, marque está opção, pois ele por padrão não está pré-selecionada.
SW-BR.com Team